เรื่องราวของราฟาเอล ไมเคิล แองเจโล ลีโอนาร์โด และโดนาเทลโลหวนกลับมาอีกครั้งพร้อมความป่วนประสาวัยรุ่น เมื่อชายแปลกหน้าลึกลับที่ชื่อว่า เคซี่ย์โจนส์เดินทางมาจากอนาคต เพื่อเตือนเต่านินจาพี่น้องให้รู้ถึงการบุกรุกจากกองทัพเอเลี่ยนที่อันตรายที่สุดในกาแล็กซีอย่างพวกแคร็ง ทีมเต่านินจาจะยืนหยัดจนกลายเป็นฮีโร่ตามที่ฟ้าลิขิตไว้ได้ไหม หรือว่าจะปล่อยให้ความอ่อนแอของวัยรุ่นเข้าตรอบงำ